ในระยะเวลาต่อมาได้เกิดข้อกรณีพิพาทระหว่างการดำเนินงานของมูลนิธิเส้นด้ายและพรรคเส้นด้าย คริส โปตระนันทน์ผู้ก่อตั้งมูลนิธิได้ทำการออกมาอธิบายว่า ตัวเขา[26] และกรรมการชุดก่อตั้งบางส่วน[27] [28][29] ที่ทำงานเกี่ยวข้องกับการเมืองได้ทำการลาออกจากมูลนิธิ ก่อนการลงสมัครรับเลือกตั้ง สภากรุงเทพมหานคร และ สภาผู้แทนราษฎร ก่อนแล้ว

โดยทางกลุ่มเส้นด้ายได้ทำแยกสายการดำเนินงานระหว่างมูลนิธิกับงานการเมืองอย่างชัดเจน [30] โดยทางนิติบุคคลทั้งสองได้มีการแยกดำเนินงานอย่างชัดเจนทั้งในส่วน กรรมการบริหาร การบริหาร และการเงิน